O famoso arqueólogo e professor Jones regressa com novos desafios, perigos e aventuras, mas desta vez ele tem o sangue de uma nova geração para o ajudar nas suas descobertas e na sua luta contra um novo vilão.

Em 1957, o arqueólogo e aventureiro Dr. Henry "Indiana" Jones Jr. retorna à ação e se envolve em uma conspiração soviética para descobrir o segredo por trás de artefatos misteriosos conhecidos como Caveiras de Cristal.

Em 1938, depois que seu pai, o professor Henry Jones, desaparece enquanto persegue o Santo Graal, o professor Henry "Indiana" Jones, Jr. se encontra contra os nazistas de Adolf Hitler.

Em viagem pelo Oriente, Indiana Jones vai parar a uma aldeia rural da Índia em busca de uma pedra sagrada e valiosa. Oculta pelas superstições, descobrirá uma perigosa seita e um templo perdido que nunca deveria ter sido reencontrado.

Em 1936 o arqueologista e aventureiro Indiana Jones é contratado pelo governo dos Estados Unidos para procurar pela Arca da Aliança antes que os nazis o tenham primeiro.