Muitos anos após o reinado de César, um jovem macaco embarca em uma jornada que o levará a questionar tudo o que lhe foi ensinado sobre o passado e a fazer escolhas que definirão o futuro de macacos e humanos.

César e seus macacos são forçados a entrar em confronto com uma milícia de humanos. Mas após sofrer perdas inimagináveis, César resolve se vingar em um confronto final que irá determinar o futuro do planeta.

Dez anos após sua liberdade, César vive em paz com macacos na floresta próxima a San Francisco, enquanto os humanos enfrentam uma epidemia. Sem energia elétrica, um grupo de sobreviventes planeja invadir a floresta para reativar uma usina.

Quando um cientista na iminência de um grande avanço da medicina começa a fazer testes no jovem chimpanzé chamado César, que desenvolve inteligência e emoções semelhantes às dos humanos, uma batalha surge entre a raça humana e os primatas.