Dr. Robotnik retorna, desta vez com um novo parceiro, Knuckles, em busca de uma esmeralda que tem o poder de construir e destruir civilizações. Sonic se junta ao seu próprio parceiro, Tails, em uma jornada para encontrar a esmeralda antes.

Dotado de incrível velocidade, Sonic acolhe seu novo lar na Terra. Isto é, até ele acidentalmente chamar a atenção do gênio maligno Dr. Robotnik. Agora Sonic precisa impedir Robotnik de usar seu poder único para dominação mundial.