Os Autobots aprendem sobre uma nave espacial cibertroniana escondida na lua e competem contra os Decepticons para alcançá-la e aprender seus segredos.

Sam Witwicky deixa os Autobots para trás por uma vida normal. Mas quando sua mente está cheia de símbolos enigmáticos, os Decepticons o visam e ele é arrastado de volta para a guerra dos Transformers.

Em 1957, o arqueólogo e aventureiro Dr. Henry "Indiana" Jones Jr. retorna à ação e se envolve em uma conspiração soviética para descobrir o segredo por trás de artefatos misteriosos conhecidos como Caveiras de Cristal.

Uma luta antiga entre duas raças cybertronianas, os heróicos Autobots e os maléficos Decepticons, chegam à Terra, com uma pista do poder supremo.